Seleksi kompetensi dilaksanakan menggunakan Computer Assisted Test (CAT) yang diselenggarakan oleh BKN dengan dukungan sarana dan prasarana dari Kementerian Kesehatan.
Penyelenggaraan seleksi kompetensi bagi calon PPPK JF Kesehatan yang melamar pada fasilitas kesehatan milik Instansi Daerah dilaksanakan oleh Panitia Seleksi Instansi Daerah (Panselda).
Penyelenggaraan seleksi kompetensi bagi calon PPPK JF Kesehatan yang melamar pada fasilitas kesehatan milik Instansi Pusat akan dilaksanakan oleh Panitia Seleksi Instansi (Pansel Instansi) Pusat.